Recién iniciada la década, en el Centro Cultural San Martín se lleva a cabo, en 1990, con el auspicio de la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires, el "Primer Salón Nacional de la Historieta y el Humor", sin demasiada trascendencia popular, pero que deja un saldo positivo. Un año después, se realiza, esta vez en el Centro Cultural Recoleta, el "Segundo Salón Nacional de la Historieta y el Humor", y a pesar de que el centro cultural no permite vender ejemplares, no publicita demasiado la exposición ni se la toma muy en serio, este salón es el punto de partida de la Muestra Permanente de la Historieta y Humor que se viene realizando hasta hoy en forma habitual en la Recoleta.
En cuanto a la siempre vigente Mafalda (imagen de la derecha), en los años '90, y a pesar del tiempo transcurrido desde la última tira publicada por Quino (que data de Junio de 1973), sigue haciéndose notar, sobre todo en el exterior.
Por otra parte, la "comicmanía" que ya comenzaba a insinuarse en los últimos años de los ‘80 hace que empiecen a abundar en la zona céntrica primero, y en los barrios más importantes, después, los "Comic Shops" (o Comiquerías), liderados por "El Club del Comic", pionero en el rubro, en los que el público, sobre todo el más joven, se vuelca en masa.
Como consecuencia del dólar barato (la paridad cambiaria había sido decretada en 1991 por la Ley de Convertibilidad), a principios de la década se hace más accesible la importación de historieta extranjera, y los superhéroes norteamericanos, con sus series al día, inundan el mercado. De a poco irán desapareciendo las grandes revistas de antologías para dar lugar a los comic-book, formato en el que se editará casi todo lo que se haga en nuestro país.

Y mientras que Argentina y Brasil lanzan, en forma conjunta, un producto con la participación de los mejores autores de ambos países (click en la imagen de la izquierda), en esta década se desarrollan y aparecen nuevos dibujantes de una inusitada capacidad artística, a la vez que la historieta de aventuras aparece agotada y reiterativa. Es una etapa en la que no surgen nuevos guionistas de relevancia, en una crisis que es compartida por gran parte de la producción cultural y artística. Sin embargo, los años ‘90 se caracterizan por la consagración definitiva del historietista argentino a nivel mundial.
Tanto guionistas como dibujantes, tanto los de siempre como los nuevos valores, triunfan en Europa y son convocados para colaborar con los "monstruos" del comic norteamericano, más reacios que los europeos para aceptar creadores extranjeros. Artistas de los "grandes" como Quique Alcatena, Francisco Solano López o Leo Durañona, y chicos "nuevos" como Fede Cueva, Pez, Horacio Ottolini, Ariel Olivetti y Pablo Raimondi son contratados por Marvel y D.C. para dibujar o entintar algunos de sus títulos, y no precisamente los menores, pues hablamos de "Avenger" o "Batman", entre otros. Como ejemplos de este "boom" internacional, podemos mencionar que, tomando el año 1994, se llega a la conclusión de que en Italia, uno de los países de mayor producción de comics en Europa, la mayoría de las revistas publicadas tiene un 25 % de material europeo y un 75% de material argentino, ya sea encargado directamente a sus autores o comprado a la editorial Columba. Por otra parte, Javier Coma (español) opina que las mejores historietas de la década del ‘80 son "Perramus" (Breccia-Sasturain), "Verano indio" (Pratt-Manara), "Partida de caza" (Christin-Bilal), "Afán de vida" (Will Eisner), "Custer" (Trillo-Bernet) "Encuentros y reencuentros" (Sampayo-Muñoz) y "American Flagg" (Chaykin). De los siete mejores del mundo, el 50% exacto (si consideramos todo lo argentino que tiene Pratt) es producción nacional.

A partir de que en el único número del fanzine "Arkham", llegara, en 1990, un nuevo personaje ("Cazador"), la historieta sería editado profesionalmente por Ediciones de la Urraca, desde 1992, como "El Cazador de aventuras", a cargo de Jorge Lucas, Ariel Olivetti, Claudio Ramírez y Mauro Cascioli, y terminaría siendo uno de los comics más exitosos y paradigmáticos de la historieta argentina de los noventa, famoso por su tono irreverente y zafado, con escenas de sexo y violencia, y con gran repercusión entre el público adolescente.
En esos años aparecen otros personajes del prolífico Robin Wood, a saber: “Anders”, con dibujos de Alfredo Falugi (revista "Nippur Magnum", año 1991), "Danske"; con dibujos de Enrique Villagrán (El Tony, 1991); “Amanda”, dibujada por Alfredo Falugio (revista "Intervalo", año 1992), y el investigador de casos paranormales "Martín Hel", dibujado por Lito Fernández (imagen de la derecha, año 1992).
En 1992 aparece una serie de cómic de temática vampírica y de aventuras: "Boy vampiro" (también conocido como "N/N" y "Yo, vampiro"), cuyo protagonista sería un niño (el hijo del faraón Khufucon), con guión de Carlos Trillo y dibujos de Eduardo Risso.

En Guernica (España), se realiza, en el año 1991, la exposición sobre Muñoz-Sampayo, a la vez que el Correo Argentino emite la primera serie de los sellos postales de "El humor y la historieta".
En 1991 apareció brevemente (solo fueron 3 números) la revista "Tres Historias", dedicada al género de superhéroes, editada por Sanyú bajo el sello Furor Cómics. Al año siguiente se publicó la revista "Puertitas Supersexy" dedicada enteramente al género erótico.
En el año 1992, Daniel Paz comienza a publicar, en el diario "Página 12", la tira "F.Mérides Truchas", a su vez que se elige a Patoruzú (izquierda) como símbolo de la exposición realizada en Buenos Aires con motivo del Quinto Centenario del Descubrimiento de América. En tanto, a partir de Mayo, la editorial italiana "Euroa" comienza a publicar, en Italia, "CyberSix", de Carlos Trillo y Carlos Meglia, uno de los boom del comic mundial, que recién comenzará a publicarse en la Argentina en 1993, en la revista "Puertitas".
En Noviembre de 1993 muere Alberto Breccia, y, tiempo después, un grupo de los alumnos de su taller de dibujo funda la revista de historietas "El Tripero".

Por otro lado, las editoriales comienzan a publicar a gran escala, en forma de libro, recopilaciones de los éxitos argentinos en Europa y de los clásicos de otras épocas. Así, "De la Flor", "Doedytores", "Columba", "Colihue", "Récord" y otras famosas editoriales que hasta el momento no se habían ocupado del tema, comienzan a deleitarnos con las versiones completas (reimpresas o inéditas), de, por ejemplo, "Tigre hotel", una de las grandes creaciones de Pablo Zweig (dibujos) y Mario Rucconi (guiones); "Vera, historia de Indias" (de Oski); la ya mencionada "Cosecha verde" (de Mandrafina y Trillo); "Buscavidas" (de Breccia y Trillo); "Mi novia y yo" (de Robin Wood y Carlos Vogt); "El Eternauta I y II" (de Oesterheld y Solano López); "Sargento Kirk" (de Oesterheld y Pratt); "Keko, el Mago" (de Carlos Nine); "Bull Rocket" (de Oesterheld y Campani); "Metallum Terra" (de Quique Alcatena y Eduardo Mazzitelli); "Transposiciones" (de Sanyú); "Versiones" (de Alberto Breccia y Juan Sasturain); "Bordeline I" y "Bordeline II", una serie de historias de ciencia ficción postapocalípticas, protagonizadas por "Crash" (con guiones de Carlos Trillo y dibujos de Eduardo Risso); "Letras Escogidas" (de Sanyú); "El otro yo del Doctor Merengue" (de Divito); "Don Fulgencio" (de Lino Palacios); "Alack Sinner" (de Muñoz y Sampayo); "Ciudad" (de Ricardo Barreiro y Juan Giménez); "Ministerio" e "Instituto" (ambas de Ricardo Barreiro y Solano López); "Los Cómicas y el SIDA" (de Fernando García y Hernán Ostuni); "Manual de Historia Argentina" (del "niño Rodríguez"); "Yo, Matías" (de Sendra); recopilaciones varias de Fontanarrosa; y muchísimos más.

En 1994 comienza a salir, en los kioscos, la versión comercial de "Comiqueando", uno de los fanzines de la década del ‘80, dedicada íntegramente al comentario y crítica de la historieta y el dibujo animado nacional e internacional y a la promoción de nuevos valores; en ésta revista aparecerían, entre otros, "Amorfi" (derecha), de "Dani The O" (Daniel Díaz), y “Megaman”, de Fernando Calvi.
En junio de 1995 se realizan en Bahía Blanca las "Jornadas Nacionales de la Calle, con la presencia, entre otros de Francisco Solano López, Juan Sasturain, Carlos Nine, Hermenegildo Sabat, etc. En ese mismo año, Solano López, con su historieta "Silly Symphonics", gana el 1er. premio del Festival de Cine y Arte Erótico de Barcelona. El Ministerio de Cultura y Educación, también en el ‘95, en el marco del Programa Nacional por los Derechos del Niño y el Adolescente, produce y difunde almanaques y afiches ilustrados por Fontanarrosa, Rep y Sendra, tres de los mejores humoristas gráficos de la actualidad.
El 20 de agosto de 1995 muere Hugo Pratt, sumiendo definitivamente en el luto a la historieta del mundo. En tanto, y a pesar de la desaparición de Oesterheld, "El Eternauta" tendría nuevas continuaciones.

El 6 de noviembre de 1995 reaparece triunfal después de tres décadas, con sus nuevos cortos en Canal 13, el siempre recordado "Hijitus", de García Ferré, con nuevas técnicas pero la magia de siempre en este mismo mes, en el Palais de Glace de Buenos Aires se realiza, a dos años de su muerte, un homenaje a Alberto Breccia titulado "Luces y Sombras", con la presencia de grandes artistas argentinos y españoles. El 31 de diciembre de 1995, la revista dominical de Clarín, Viva, hace un balance del año a través de tres "argentinos" famosos: Clemente (Caloi), Inodoro Pereyra (Fontanarrosa) y Matías (Sendra).

Entre Abril y Mayo de 1996, en la Feria del Libro de Buenos Aires, hay un espacio especial dedicado a los cien años de la historieta y uno de los actos culturales organizados es una mesa redonda titulada "La Historieta como vehículo educativo", a cargo de especialistas en el género como Oscar Steimberg, Jorge Rivera, Germán Cáceres y Sanyú. Entre el 7 y 10 de noviembre se lleva a cabo Fantabaires, la 1º Convención de Historietas, Humor Gráfico, Ciencia Ficción y Terror; con la presencia de artistas, ciclos y charlas, más las distintas editoras, se realiza la misma en la Sociedade Nazionale Italiana, que fue colmada por el público. Fantabaires duró hasta ya entrada la nueva década.

En estos años aparecen nuevos personajes en los diarios, como ser "Catalina" (izquierda), de Garaycochea (desde 1991, en "La Nación"), "El Nene Montanaro", de Altuna (desde 1994, en Clarín), "Gaturro", de Nik (desde 1993, en "La Nación"), y, más adelante, dos personajes de "Rep" en el diario "Página 12": "El Niño Azul" y "Gaspar, el Revolú".
En enero de 1996 sale el último número de "Skorpio". Ese mismo año comienzan a emitirse, en Canal 11, los capítulos de la serie "Cybersix", interpretada por la modelo Carolina Pelleriti. En abril de ese año la revista "La Maga", en su número 221, regala un videocasette que contiene un programa completo del ciclo DNI (A.T.C.) dedicado a "El Eternauta" (emitido en 1995), personaje que sería incluído por el diario Clarín, en el año 2000, y a pesar de ser una historieta, en su colección "La Biblioteca Argentina / Serie Clásicos", junto a obras como "Martín Fierro" y autores como Borges, Sábato o Cortázar.

Entre 1994 y 1999 cientos de revistas independientes y fanzines surgirían en todo el país. Una de ellas sería "Catzole", donde aparecería tiras como "El oficial Yuta" (derecha, de J. J. Rovella), “Desfigurado” (de Salvador Sanz), "Orgamastrón" (de Julio Azamor), "Cándido" (de J. J. Rovella), etc. Otros Fanzines serían "Morón Suburbio" (de Angel Mosquito), "Pluma Negra", "Kapop","Chelza!", "Ran" (dedicada al manga), "Océano y Charquito", "La Métafora", "Cámulus", "Atiza", "Elvisman", "La Quimera", "¡Especial…!", "Alas", "Max King Comics!", etc. También surgirían revistas más ambiciosas, pero que desaparecerían a los pocos números, como ser "Oxido de Fierro", "Buitre", "Qajas", "Gritos de Ultratumba", "Cabeza de Gorgona" y "Arkanov ".
En las provincias del interior del país se producían fenómenos similares con revistas y fanzines como "Aspid", "Elvisman", "El Hombre Sopapa" (hecha enteramente en tela), "Guacho", "Cossanostra", "Rrruido", "Cogazomics", "Falsa Modestia", "Asfalto Caliente" y "Dopple Charasca".
En Mayo de 1996 llegaría la revista “Hacha”, con personajes y series nuevas, como "Esquizoopolis" (de Mazzitelli y Alcatena), "El Inquisidor" (de Slavich y Lalia), "Villa Caraza Blues" (de García Durán), "KHZ 203.3" (de Manco), "Reynard" (de Mazzitelli y Alcatena), "Kayno" (de Grant y García Durán) y "Lenrik" (de Schimpp y Lalia), además de historias cortas bajo la temática de Buenos Aires Fantástica, a cargo de diversos autores.

En la última parte de la década surgieron los "Comic books argentinos", donde aparecerían una serie de personajes que, sin llegar a ser superhéroes, se aproximarían a ese género. Las 2 revistas que alcanzarían mayor proyección en el tiempo con este estilo fueron "Animal Urbano" (publicada por "Furor Historietas") y "Caballero Rojo" (bajo el sello "Comiqueando Press"), pero también vale mencionar a las revistas "Laucha", "El Ojo Blindado", "Mikilo", "El Dié" y "Mitofauno". En cuanto a los personajes, los más populares fueron "Animal urbano" (imagen de la izquierda), que era un oscuro mutante argentino que defendía a los excluídos de la sociedad (fue realizado con los guiones de Dabat, luego reemplazado por Guillermo Grillo, y los dibujos eran de Molina); "Caballero Rojo", que era un superhéroe argentino inspirado en el personaje de Titanes en el Ring, el cual ya había aparecido en la revista "Comiqueando" (con guiones de Torres y dibujos de Navarro); "Mikilo", que era un ser mitad hombre mitad bestia, basado en una leyenda Diaguita (con guión de Rafael Curci y dibujos de Basile y Coggiola) y “El Ojo Blindado”, que era un superhéroe con poderes mentales que obtenía su energía del sexo (realizado por "Waccio Zkatter").
Sin embargo, la estrella comercial del fin del siglo fue el Manga, sobre todo con la revista "Lazer", de Editorial Ivrea.

En 1997 llegaría un nuevo personaje en la revista dominical del diario "La Nación": "Paula", de Carlos Albiac y Walther Taborda, mientras que, en 1998, en el suplemento infantil del mismo diario, aparecería "Lejos Pratt" (derecha), de Oswal y Albiac. Otro cómic aparecido al final del siglo fue "Babetool", una aventura futurista y llena de acción, influenciada por el manga, con guiones de José Luis Gaitán y dibujos de Taborda.
En 1998 se creó la “Asociación de Historietistas Independientes” (AHI), agrupando a los productores de revistas y fanzines independientes del país; en la AHI llegaron a contabilizarse más de 100 títulos diferentes. Ese mismo año, el Correo Argentino lanza la segunda serie de sellos postales en homenaje a los autores del humor y la historieta de Argentina, y a sus populares creaciones (click aquí para ver el el matasellos "Día de emisión", con el clásico "gatito" dibujado por Landrú).
Al finalizar la década apareció brevemente la revista "Ultra" (de editorial Ivrea), con 3 historietas, "Anita, la hija del verdugo" (con guión de Gabriel Bobillo y dibujos de Juan Bobillo y Marcelo Sosa), "Convergencia" (de Oberto y Brito) y la reedición de "4 Segundos" (de García Zecchin y García Valdearena). También se publicó "Mutant Generation", una revista dedicada a las actividades de los comics, cine y animé.
Es importante señalar que, en el último lustro del siglo XX, los artistas argentinos consagrados publican bastante material en el exterior.

En cuanto a los libros, en 1999 Ediciones Biblioteca Nacional publica "La historieta argentina: de la caricatura política a las primeras series", de José María Gutiérrez, en tanto que un año después Ediciones de La Flor lanzaría “La historieta argentina - Una historia”, de Gociol y Rosemberg; en éste último caso se trata de un volúmen de más de 600 páginas cuya primera parte corresponde a una cronología de la evolución de la historieta argentina y la segunda al pertinente análisis temático.

Por la caída de la convertibilidad (en Diciembre de 2001), el aumento de los costos paraliza a los pocos que se animaban a la autoedición, y por bastante tiempo no aparecen nuevas publicaciones de historieta argentina. Para peor, en el año 2001 cierra la famosa editorial "Columba", siendo la que por más tiempo publicaría historietas en el país. A su vez, pasa el furor de las "comiquerías", y las mismas van cerrando una a una, quedando solo unas pocas.
Sin embargo, y a pesar que en Enero de 2002 aparece por última vez la Revista "Anteojito", en el siglo XXI siguen apareciendo, con el tiempo, nuevas revistas de historietas, como ser “El Historietista” (a cargo de Walter Vázquez), "¡Suélteme!", "Ultra", "Selvática", "El Abismo", "Pinlu" (dirigida por Guerrero), "Bastión" (de la editorial Gárgola), etc. Así, progresivamente surgen, día a día, más publicaciones independientes de historietas, siendo la mayoría autofinanciadas y distribuidas por los propios editores. Quien más se destaca como editor independiente es "La Productora", con revistas unitarias como "El Otro", "Road Comic", "Punto Muerto", "Resurrecto", "Néstor Comics", "Perfecto", "Grájal", etc. En todas estas revistas aparecen los nuevos talentos y autores de la historieta nacional, en constante renovación. En la mencionada revista “Bastión” aparecería “El Hombre Primordial”, de Mauro Mantella y Germán Erramouspe.

En el año 2003 el Correo Argentino emite la tercera serie de sellos postales de "El humor y la historieta". En Diciembre de ese mismo año se lanza la "Biblioteca Clarín de la Historieta", siendo 20 títulos publicados cada 15 días, con clásicos de la historieta nacional (Mafalda, El Loco Chávez, El Eternauta, Patoruzú, Nippur, Inodoro Pereyra, Isidoro, etc.) y extranjera (Súperman, Batman, Popeye, etc.), con la historia de los personajes y las biografías de los respectivos autores.
Y a propósito de Mafalda, ella y sus amigos (imagen de la derecha) siguen haciéndose notar en el nuevo siglo, a pesar que la última tira data de 1973.

Mientras tanto, siguen apareciendo nuevos personajes y tiras en los diarios, como por ejemplo "Charly Huesos" (dibujo de la izquierda), de Claudio Furnier (en "La Voz del Interior"), "CaZados", de Trillo, O'Kif y Gutiérrez (año 2002, en "Clarín"), "Enriqueta" (en la tira "Macanudo") de "Liniers" (año 2002, en "La Nación"), "La Nelly", de Langer y Mira (año 2003, en "Clarín"), "La nena Croniquita", de Siulnas y Blasetti (año 2003, en “Crónica”), "Batu", de "Tute" (año 2007, en "La Nación") y "Bife Angosto", de Gustavo Sala (en el Suplemento "No" del diario "Página 12). En tanto, vale señalar que un personaje creado por Peni, "Z.X.Wilbur" (el niño extraterrestre), para la revista "Genios" en el año 2004, se comienza a distribuir en varias revistas infantiles del extranjero.
En el año 2004 apareció el cómic “Sarna” (con guiones de Carlos Trillo y dibujos de Juan Sáenz Valiente), el cual retrataba en clave policial los hechos en una ciudad sórdida, carcomida por el abuso de poder, la impunidad y el cinismo de personajes sin escrúpulos. Por su parte, en el año 2006 apareció el personaje más popular de Jorge Vilá: "Galaxer, el defensor de los galaxianos", a la vez que editorial Ivrea publica “Legión”, de Salvador Sanz, una historia a todo color ubicada en pleno apocalipsis porteño.

Un tema aparte son los "webcómics". La aparición de Internet permitió, a los autores aficionados, exponer sus obras a miles de personas diariamente, y con una inversión mínima. Así, el fenómeno del Webcómic, nacido originalmente en EE.UU. a fines del Siglo XX, surgió con fuerza en Argentina desde aproximadamente el año 2004, y no paró de crecer.
Se desarrolló en dos formatos: como cómic electrónico escaneado (creado inicialmente en papel y escaneado para ser pasado posteriormente a la red), y como cómic electrónico digital (creado directamente en web con todas sus herramientas).
Actualmente existen miles de páginas, y, gracias a la facilidad para acceder a ellas, y al hecho de que sean gratuitas, han conseguido convertirse en una alternativa al cómic tradicional.
Es muy difícil hacer un listado de los webcómics argentinos, pero, entre los más conocidos (sepan perdonar las omisiones), se puede mencionar a "Calchaquén, el cacique de Paso Obligado" (de Sen y El Pybe), "Dínami" (imagen de la derecha, de Lucas Amato), "Mantrul Comics" (de Mantrul), "Ema la Emo" (de Sibary), "Yo-conmigo" (de Fabián Zalazar), "Buenos Aires Eterna" (de Carrera), "Dr. Paradox" (de Alcatena), "Punto Rojo" (de Calvi), "E.P.I.C" (de Ganem), "Taipei" (de Tambuscio), "El Horror sin Nombre" (de Simone), "Rey del Terror" (de Baró), "2 Deaths" (de Lamonicana), "Orgón" (de Plaza), “Lanzallamas” (de Brito y Valdearena), "Mad Hawk" (de Caballero), "El Chorinauta" (de Fantoni) y "¡Corré, Wachín!" (de Sagárnaga).
Con el tiempo, muchos de los trabajos han dado el salto a la publicación en papel, e, incluso, se lanzaron a la venta recopilaciones de esas tiras en formato de libros. Un ejemplo es "Magnificomics: Reunión de consorcio", aparecido en 2012, con chistes de humor gráfico de diversos autores, y personajes como "El Magni" (de Espósito), "Vi-chu" (de Lucero), "Cyra" (de Martínez), "El Gato Elías" (de Acuña), "Chori y Morci" (de Machín), "Yo Nen" (de Caballero), "Orégano" (de Zambrano), "Hikari-Kon" (de Rodríguez y Pérez), y "Risonancia" (de Bustamante).
Incluso las nuevas tecnologías posibilitaron difundir los cómics por otros medios, como ser el caso de “Buenos Aires Eterna” (de Sergio Carrera), a través de los iPhones.